K infekci močových cest dochází tehdy, když si škodlivé mikroby najdou cestu do dolních nebo horních močových cest. Infekce dolních močových cest, ke kterým dochází v močové trubici a močovém měchýři, jsou častější. Také se jim říká cystitida. Bakterie, které napadají dolní močové cesty, pocházejí ve většině případů z našeho vlastního těla. Nejčastější je bakterie E. Coli, která žije ve střevech, a v případě, že je močová trubice kontaminována stolicí, může se tato bakterie dostat až do močových cest.
Neléčená infekce způsobená vysoce virulentními bakteriemi se může rozšířit přes močovody do jedné nebo obou ledvin a způsobit infekci horních močových cest. Jejími příznaky mohou být bolest, nevolnost a horečka. Pokud zůstane neléčená, může poškodit ledviny nebo způsobit i selhání ledvin. V některých případech se infekce ledvin může rozšířit do krevního oběhu a způsobit urosepsi, která vyžaduje okamžitou intenzivní péči. Pokud je diagnostikována infekce horních nebo dolních močových cest a je nutná léčba, rozhodne lékař o tom, jaká antibiotika a v jakých dávkách předepíše.
Asymptomatická bakteriurie, označovaná také jako „přátelská“ bakterie, v močových cestách je neškodný stav, který by se neměl léčit antibiotiky. Tato bakterie nevyvolává žádné příznaky kromě zapáchající moči.